Σύμφωνα με τα ιστορικά στοιχεία, ο ναός χτίστηκε στα τέλη του 15ου αιώνα, αρχικά ως μονόχωρος. Αργότερα, ύστερα από πολλές επεμβάσεις, ο ναός μετατράπηκε σε τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική, ενώ μια από τις επεμβάσεις αφορούσε στην προσθήκη νάρθηκα. Ο ζωγραφικός διάκοσμος του ναού είναι ιδιαίτερα αξιόλογες, αφού διατηρούνται αγιογραφίες του 15ου και του 16ου αιώνα (Θεοτόκος, Ευαγγελισμός, Ανάληψη, παράσταση Δευτέρας Παρουσίας (1498), Υπαπαντή, Γέννηση, Βάπτιση, Κοίμηση της Θεοτόκου, Χριστός Ελκόμενος κ.α.).
Σχετικά με το προσωνύμιο «Χαβιαρά» έχουν γίνει κατά καιρούς διάφορες υποθέσεις, ουσιαστικά όμως καμία από αυτές δεν μπορεί να επιβεβαιωθεί. Πρώτος αναφέρεται στο προσωνύμιο ο γνωστός Βυζαντινολόγος Γεώργιος Λαμπάκης σε άρθρο του σε αθηναϊκή εφημερίδα (1906). Ο ίδιος λίγα χρόνια νωρίτερα πέρασε από την πόλη και κατέγραψε τους ναούς της, καταγραφή η οποία επίσης δημοσιεύτηκε στην ίδια εφημερίδα το ίδιο έτος. Μεταξύ των διαφόρων σχολίων του, αναφέρεται και στο προσωνύμιο του εν λόγω ναού. Από τις αναφορές του συμπεραίνεται ότι ήδη από τα χρόνια της Οθωμανοκρατίας επικρατούσαν τουλάχιστον δύο απόψεις για το προσωνύμιο του ναού. Κατά την πρώτη, αυτό προερχόταν από την οικογένεια Χαβιαρά, τα μέλη της οποίας φέρονταν ως κτήτορες του ναού.
Κατά δε την άλλη εκδοχή, την οποία και ασπάζεται ο Λαμπάκης, ο ναός οφείλει την ονομασία του στην ευρύτερη περιοχή, όπου υπήρχαν καταστήματα, όπου πωλούνταν χαβιάρι. Την αντίθετη άποψη από τον Λαμπάκη, υποστηρίζει ο ιστορικός της Βέροιας Γιώργος Χιονίδης, ο οποίος αναφέρεται στη σχέση του προσωνυμίου με τους κτήτορες του ναού, όπου κατά τον Χιονίδη προέρχονται από την οικογένεια των Χαβιαράδων. Τέλος, μια τρίτη εκδοχή, η οποία στηρίζεται σε προφορικές μαρτυρίες, συνδέει το προσωνύμιο του ναού με έναν ψαρά. Σύμφωνα με την παράδοση, η οποία διασώζεται με μικρές ή μεγαλύτερες παραλλαγές, ο ψαράς, αλλού χριστιανός και αλλού μουσουλμάνος, βρισκόμενος στη θάλασσα προκειμένου να ψαρέψει έπεσε σε τρικυμία. Φοβούμενος για τη ζωή του έταξε το εμπόρευμά του, μεταξύ του οποίου περιλαμβανόταν και χαβιάρι, στη Θεοτόκο, στην οποία και απέδωσε τη σωτηρία του.
Κατ’ άλλη παραλλαγή ψαράς (ή έμπορος χαβιαριού ;), ο οποίος δεν μπορούσε να πουλήσει το εμπόρευμά του, έταξε τα έσοδα από τις πωλήσεις του και την αξιοποίησή τους στο κτίσιμο του ναού της Παναγίας. Όλες οι παραπάνω εκδοχές της τοπικής παράδοσης βασίζονται σε έναν κοινό πυρήνα τον οποίο αποτελούν το πρόσωπο του ψαρά, το εμπόρευμα του, η θαυματουργική επέμβαση της Θεοτόκου και τελικά η εκπλήρωση της «υπόσχεσης» του ψαρά, με το κτίσιμο του ναού ή με την αφιέρωση των εσόδων του στο ναό. Τέλος, αξίζει να σημειωθεί ότι το χαβιάρι (έμοιαζε με τον λευκό άφτιαχτο ταραμά) καταναλωνόταν από αρκετούς ντόπιους Βεροιώτες, όπως προκύπτει επίσης από προφορικές μαρτυρίες. Το γεγονός αυτό ενισχύει τις παραπάνω γραπτές και προφορικές μαρτυρίες που συσχετίζουν την ονομασία του ναού με την ύπαρξη ανθρώπων που εμπορεύονταν χαβιάρι ή ψαράδων και των αντίστοιχων καταστημάτων.